法人税法施行規則第59条の2の新設 〜関連者間取引の書類整備と実務上の留意点〜
国際税務ニュースレター令和8年度税制改正により新設された、関連者間取引に係る書類の整理保存の特例(法人税法施行規則第59条の2)では、すべての青色申告法人に対し、対価の設定方法等を補完する書類の保存が義務付けられます。本稿では、未対応時の青色申告取消リスクに備えるため、主な改正点を整理するとともに、国税庁の事務運営指針に基づく具体的な実務対応を簡潔に解説します。
税務当局は、一般的に調査ターゲットを絞り込むための実態調査から開始し、このために1カ月から半年程度の期間を投下します。その後、本格的な実地調査として選定された場合には、調査期間は1年から3年に及びます。調査期間中は、調査官との質疑応答や様々な資料提出要請に応じ続けなければなりません。
税務当局が収集する移転価格情報としては、別表17(4)から得られる基本情報の他、調査選定過程で収集される以下の関係資料があります。
税務当局は、移転価格調査対象の選定基準について公表しておりませんが、移転価格事務運営指針では、調査官が調査に当たって次の点に配意して検討すべきことを指摘しています。
移転価格事務運営指針では、調査官が検討すべきものとして、資本関係・事業内容の把握、調査対象取引の詳細並びに比較対象取引及び移転価格手法の選定に関する書類等を例示しており、課税処分のために、営業利益率や売上総利益率を内部または外部比較対象取引のそれと比較すること、調査法人が機能及びリスクに見合った利益を得ているかを検討するよう指示しています。
なお、移転価格課税は6事業年度まで遡及が可能ですので、通常の法人税調査で課税される期間の2倍に及びます。
適切な移転価格ポリシーと裏付けとなるドキュメンテーションを行っておくことが、望ましい調査結果を得るためには不可欠です。移転価格ポリシーとこれに基づくドキュメンテーションを行っておくことで、調査対象の選定段階における税務当局の資料要請に応え、本格的な実地調査対象となるリスクを大幅に軽減することが可能です。
移転価格調査に係る支援として、具体的には以下のサービスを提供しています。
最も基本的な移転価格コンプライアンスである移転価格文書の作成をサポートします。 このサービスには、関係資料の閲覧やインタビュー等の実施、産業別のベンチマーク分析を含みます。文書化を行うことで、法令で求められた文書化義務を満たすだけでなく、移転価格リスクの把握と評価を行うことができます。
二重課税排除のための相互協議に係る支援を行います。
APAは、将来事業年度の移転価格課税リスクを回避するための最も有効な手段です。
最も基本的な移転価格コンプライアンスである移転価格文書の作成をサポートします。 このサービスには、関係資料の閲覧やインタビュー等の実施、産業別のベンチマーク分析を含みます。文書化を行うことで、法令で求められた文書化義務を満たすだけでなく、移転価格リスクの把握と評価を行うことができます。
APAは、将来事業年度の移転価格課税リスクを回避するための最も有効な手段です。
二重課税排除のための相互協議に係る支援を行います。
令和8年度税制改正により新設された、関連者間取引に係る書類の整理保存の特例(法人税法施行規則第59条の2)では、すべての青色申告法人に対し、対価の設定方法等を補完する書類の保存が義務付けられます。本稿では、未対応時の青色申告取消リスクに備えるため、主な改正点を整理するとともに、国税庁の事務運営指針に基づく具体的な実務対応を簡潔に解説します。
The FY2026 Tax Reform Outline (published Dec 12, 2025) introduces tighter documentation rules for intra-group transactions, affecting companies of all sizes. This measure specifically targets arbitrary pricing or lack of documentation for intra-group services (including IP transfers and loans), such as shared cost facilities.
国際ビジネスにおいては、明確なコミュニケーションと異文化理解に基づく信頼関係の構築が不可欠です。とりわけ移転価格税制の分野では、日本法人と国外関連会社との取引が検証対象となるため、移転価格コンプライアンスでは日本本社と海外子会社、あるいは海外本社と日本子会社との間での国境を越えた協力が必要です。本稿では、日本の税務調査において海外の企業グループメンバーが直面しやすい実務上の課題、日本の税務当局の特徴、ならびに本邦移転価格税制における近時の注目論点について解説します。